新生児-乳児消化管アレルギー（暫定的病名である）は、1995年以降、患者数が急増しつつあると考えられている。新生児期もしくは乳児期にミルクまたは母乳を開始した後発症する。嘔吐、下血などの消化器症状を呈することが多いが、哺乳力減少、不活発などの非特異的症状のみの場合もある。発症にIgEを必ずしも必要としないため牛乳特異的IgE抗体は検出されないことも多く、診断は容易ではない。診断治療の遅れから、イレウス、発達障害を起こす場合もある。
原因となったミルクを治療ミルクに変更すると、速やかに改善することが多い。

新生児-乳児アレルギー疾患研究会では、この疾患について速やかで確実な診断治療の一助となることを願って診断治療指針作成を試みた。